灵活就业医疗保险和员工医疗保险的区别主要包括：
1、收费基数不同。
灵活就业者参加医疗保险的缴费基数一般是当地上年度在职者年平均工资的60％，员工参加医疗保险的缴费基数是员工月工资的总额。
2、保险对象不同。
灵活就业者的参加对象是没有参加使用者基本医疗保险的非全日制员工和其他灵活就业者的就业年龄范围内没有员工的个人工商店等
员工医疗保险的参加对象是城镇员工和公司退休员工。
3、缴费的方式不同。
灵活就业人员医保由灵活就业人员自已按一定的基数和比例全额缴纳，可以选择按月缴纳，也可以选择按年缴纳；
职工医疗保险由单位和职工共同缴纳，一般情况下是按月缴纳。
4、收费率不同。
灵活就业人员缴费比例，有两种可供选择。根据各地标准，例如沈阳标准，可以选择10％的比例，也可以选择
6、8％的比例。
员工医疗保险的支付比例在公司纳6％左右，员工个人缴纳2％左右（各省市灵活就业者医疗保险缴费比例政策不同）。
5、基金账户划分方式不同。
灵活的就业者医疗保险，以沈阳为例，选择以10％的比例缴纳的，可以设立个人账户，每月有基金进入个人账户的
6、8％缴纳的，不设立个人账户，不进入基金
职工医疗保险有个人账户，职工个人缴纳的基本医疗保险费，全部计入个人账户。用人单位缴纳的基本医疗保险分为两部分，一部分用于建立统一基金，一部分用于个人账户。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国社会保险法》
第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容