法律分析：公积金差额补缴是指单位缴纳缓缴、应缴未缴的住房公积金及职工漏缴的住房公积金。
公积金差额补缴的方法主要有以下三种：
1、支票方式补缴
2、采用其它缴款方式补缴住房公积金的，比照汇缴相应缴款方式办理
3、开通住房公积金网上业务的单位，可通过网上业务系统进行申报办理
法律依据：《住房公积金管理条例》 第二十四条 职工有下列情形之一的，可以提取职工住房公积金账户内的存储余额： （一）购买、建造、翻建、大修自住住房的； （二）离休、退休的； （三）完全丧失劳动能力，并与单位终止劳动关系的； （四）出境定居的； （五）偿还购房贷款本息的； （六）房租超出家庭工资收入的规定比例的。 依照前款第（二）、（三）、（四）项规定，提取职工住房公积金的，应当同时注销职工住房公积金账户。 职工死亡或者被宣告死亡的，职工的继承人、受遗赠人可以提取职工住房公积金账户内的存储余额；无继承人也无受遗赠人的，职工住房公积金账户内的存储余额纳入住房公积金的增值收益。