1、黄连收获一般于10~11月进行，收获过早，根茎水分多，不充实，折干率低，但又不宜过迟，如迟至翌年春季雪化后收获，植株已抽薹开花，养分被消耗，根茎中空，产量降低，品质差。
2、黄连通常在移栽后第五年收获。据试验，黄连栽后生长满5年收获的，较4年收获的单产增加54.61%;第六年收获的，一般比第五年收获可增产10%~15%，因此不宜提前收获，但也不宜超过6年，因过分延长生长期则黄连生长势减弱，根茎易腐烂，品质差，产量下降。
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